Lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy bao gồm các tỉnh, thành phố: Hà Nam (gồm: 5/5 huyện và 01 thành phố Phủ Lý), Nam Định (gồm: 9/9 huyện và 01 thành phố Nam Định), Ninh Bình (gồm: 6/6 huyện, 01 thị xã Tam Điệp và thành phố Ninh Bình) và một phần của thủ đô Hà Nội (gồm: 11/12 quận, 13/17 huyện và 01/01 thị xã Sơn Tây (trừ các huyện Mê Linh, Sóc Sơn, Đông Anh, Gia Lâm và quận Long Biên)) và năm huyện của tỉnh Hòa Bình (gồm: 5 huyện Kỳ Sơn, Lương Sơn, Kim Bôi, Yên Thuỷ và Lạc Thuỷ).
Kết quả quant rắc LVS Nhuệ - Đáy, đến đợt 5/2019 có tổng số 8/19 thông số bị ô nhiễm, gồm: DO; COD; BOD5; N-NH4; N-NO2; TSS; Fe và Pb. Một số thông số có tỷ lệ vượt QCVN 08-MT:2015/BTNMT khá cao, điển hình như thông số COD (79%); BOD5 (75%); các thông số (DO; TSS; N-NH4 ), trên 50% tổng số giá trị vượt ngưỡng quy định. Khu vực các thông số vượt ngưỡng liên tục trong cả 05 đợt như các sông nội thành (sông Sét, sông Lừ, sông Kim Ngưu - Từ điểm Ngĩa Đô đến điểm cầu Sét), đoạn sông Nhuệ qua Hà Đông và đoạn thượng nguồn sông Đáy (Tp. Hà Nội).
Dòng chính sông Nhuệ, đoạn sông thực hiện quan trắc, nước sông tiếp nhận nước thải chưa qua xử lý của các làng nghề (Phúc La: nước thải làng nghề lụa Vạn Phúc; Cự Đà: nước thải làng nghề miến Cự Đà; Cầu Chiếc, Đồng Quan: khu vực vừa tiếp nhận nước thải của các làng nghề, vừa tiếp nhận nước thải sinh hoạt của Tp. Hà Nội và Q. Hà Đông thông qua sông Tô Lịch). Kết quả quan trắc cho thấy:
Sông Nhuệ, đoạn chảy qua Hà Nội, từ đoạn sông chảy qua khu vực Hà Đông (Phúc La) cho tới trước khi nhận nước sông Tô Lịch, nước bị ô nhiễm. Nguyên nhân gây ô nhiễm chủ yếu do nước thải sinh hoạt của quận Hà Đông và nước thải sản xuất của các cơ sở sản xuất và làng nghề trong khu vực. Sau khi tiếp nhận nước thải của sông Tô Lịch (điểm Cự Đà), nước sông Nhuệ tiếp tục bị ô nhiễm nặng. Các thông số hữu cơ (BOD5, COD, N-NH4,… đều vượt ngưỡng quy định theo QCVN 08-MT:2015/BTNMT).
Sông Nhuệ đoạn chảy qua Hà Nam, mức độ ô nhiễm giảm so với đoạn sông Nhuệ chảy qua Hà Nội, chất lượng nước sông ở mức trung bình, nước sông sử dụng được cho mục đích tưới tiêu và các mục đích tương đương khác, các thông số (BOD5, COD, …) vẫn vượt ngưỡng cho phép theo QCVN 08-MT:2015/BTNMT.
Sông Đáy: Mức độ ô nhiễm thấp hơn so với sông Nhuệ, các thông số ô nhiễm tập trung đoạn sông chảy qua địa phận Hà Nội, Hà Nam và khu vực giáp ranh giữa Hà Nam - Ninh Bình (từ điểm Cầu Mai Lĩnh đến điểm Khánh phú) do tiếp nhận nước thải làng nghề chưa được xử lý và nước thải sinh hoạt của Tp. Hà Nội, Tp. Phủ Lý (Hà Nam). Từ khu vực trung lưu đến hợp lưu sông Nhuệ - sông Đáy tại thành phố phủ Lý, mặc dù môi trường nước tiếp tục chịu ảnh hưởng của nước thải sinh hoạt, hoạt động sản xuất và tưới tiêu nhưng do lưu lượng nước sông Đáy lớn và có sự tham gia của các nhánh sông có tác dụng điều tiết nước nên chất lượng nước ở mức trung bình, nước sông sử dụng được cho mục đích nuôi trồng thủy sản, tưới tiêu và các mục đích tương đương khác.
Các sông nội thành Hà Nội (sông Tô Lịch, sông Kim Ngưu, sông Sét, sông Lừ)
Môi trường nước trên các sông nội thành Hà Nội đoạn sông Tô Lịch (điểm Phương Liệt), sông Kim Ngưu (điểm Tựu Liệt) và sông Lừ (điểm Định Công), môi trường nước sông bị ô nhiễm nặng, WQI: 16-25. Tại các điểm Nghĩa Đô, Cầu Mới và Cầu Sét, môi trường nước sông ở mức trung bình, nước sông chỉ có thể sử dụng được cho mục đích giao thông thủy và các mục đích tương đương khác, WQI: 26-50 .
Từ tháng 5/2019, trên sông Tô Lịch, đoạn sông thử nghiệm công nghệ công nghệ Nano-Bioreactor Nhật Bản, chất lượng môi trường nước sông được cải thiện. Các thông số COD, BOD5 tại mẫu sau xử lý giảm 14-45% so với các mẫu trước và trong khu vực xử lý, đặc biệt thông số Coliform và E.Coli (Coliform từ 2,19 đến 5,23 lần, E.Coli từ 2,58 đến 4,94 lần so với mẫu trước và trong khu vực thí điểm).
Các sông khác: Sông Bôi, sông Hoàng Long, sông Đào, các thông số nằm trong ngưỡng quy định theo QCVN 08-MT:2015/BTNMT, trừ sông Châu Giang, tại một số thời điểm, có các thông số (….), vượt ngưỡng quy định theo QCVN 08-MT:2015/BTNMT.
Trung tâm QTMT miền Bắc